MD5 lo si utilizza solo per la password. Se vuoi criptare i dati puoi utilizzare una criptazione simmetrica, ci sono script JS già pronti a riguardo. Il problema è che in qualche modo devi passare la chiave pubblica da A a B, in questo caso dal browser al server.

Il top sarebbe l'assimmetrica (dai un occhio a jCryption), che poi è quella utilizzata nei certificati SSL