Come già detto, inserisci il file css nella pagina che ti piace con la solida stringa.

Meglio però se lo fai nella pagina index.php

Lo stesso fai con lo script .js. Puoi inserirlo dove ti pare e piace, escludendo il discorso della performance del sito.
Devi però stare attento che il percorso sia quello giusto.
Se vedi qualche errore, qualcosa che non va, guarda il codice sorgente e la console di chrome per vedere che sia tutto corretto.

Se, nonostante tutto, dovresti avere problemi, posta un link alla pagina (caricarlo da qualche parte).

Non vedo il problema