Non lavoro come freelancer quindi immagino altri potranno darti consigli piu' nel merito.

Cmq tanto per cominciare fatti scrivere un contratto (o trovane uno) nel quale si stabilisce come distribuire il lavoro nel tempo e di conseguenza il compenso, i.e. un tot. in anticipo, poi il resto alla consegna oppure in aggiunta qualcosa nel mezzo. Nel contratto stabilisci anche, in accordo col cliente, come avviene la consegna. Ti consiglio di tenere il sito live con un dominio di tua proprieta' -non quello del cliente senza poi incorrere in problemi di proprieta' o altro- e di renderlo visibile soltanto con username e password che tu hai (semplice http basic auth), cosi' poi mostrarlo al cliente. Una volta che il pagamento e' completo puoi poi rilasciare il codice al cliente, mettere il sito su col loro dominio, e fornire loro tutte le password etc.