Quando leggi con la fgets devi considerare che viene aggiunto un caratter 0x0A alla fine della stringa letta. Quindi, quando confronti la parola letta, non verrà mai trovata nel testo a meno che non sia alla fine.

Per rimediare devi togliere questo carattere dalla fine della stringa (subito dopo ogni fgets) in questo modo

if(parola && parola[strlen(parola)-1]==10) parola[strlen(parola)-1]=0;