Cmq hai provato con qualcosa tipo

AddDefaultCharset utf-8

nell'htaccess giusto per verificare se i file vengono salvati correttamente?
Quando dici che i caratteri vengono sostituiti, intendi dire che appaiono sbagliati nel browser dopo il rendering delle pagine, oppure che hai scaricato i files salvati col file manager e hai verificato che i caratteri speciali sono andati perduti?

edit: sai se il file manager salva i file in modalita' testo oppure binaria?