Ho risolto modificando il codice della Classe Incompatibile()....

Praticamente, oltre all'array dei JCheckBox invio alla Classe
l'ultimo dei JCheckBox selezionato, così che posso andare a
selezionare in modo preciso il JRadioButton che mi serevirà
per settare il resto dei JCheckBox che mi interessano.

codice:
import javax.swing.ButtonGroup;
import javax.swing.JCheckBox;
import javax.swing.JRadioButton;

public class Incompatibile extends JCheckBox {
	private static final long serialVersionUID = 1L;

	public Incompatibile(JCheckBox[] arrayCheck, int lastBox) {		
		// creo il gruppo dei JRadioBUtton e il relativo array
		ButtonGroup group = new ButtonGroup();
		JRadioButton[] arrayRadio = new JRadioButton[3];		
		for(int k=0; k<3; k++) {
			arrayRadio[k] = new JRadioButton();
			group.add(arrayRadio[k]);			
		}
		
		// seleziono il relativo JRadioButton che esclude gli altri!!!
		arrayRadio[lastBox].setSelected(true);
		
		//...vado a selezionare il JCHeckBox relativo al JRadioButton "rimasto" selezionato
		for(int y=0; y<3; y++) {			
			arrayCheck[y].setSelected(arrayRadio[y].isSelected());
		}
		
	} // FCOS
} // FC