OK... risolto anche questo problema.

Praticamente la Classe Incompatibile() la chiamo
solo se il JCheckBox viene selezionato e non deselezionato.....
codice:
JCheckBox eBox = (JCheckBox) e.getSource();
if(eBox.isSelected()) new Incompatibile(arrayCheck, Integer.parseInt(eBox.getName()));
in modo che se devo deselezionare una JCheckBox non è soggetta
alla restrizione del Group dei JRadioButton, ma se la seleziono si.