Ops che stupido, dimenticavo che sei in hosting. Ma puoi comunque settarli a livello di sessione, ovviamente devi essere sicuro di farlo per tutte le connessioni che apri:

SET @@SESSION.wait_timeout=5;
(suppongo che, per la maggior parte delle tue connessioni, 5 secondi siano più che sufficienti... ripeto, se esegui anche delle query più lunghe, basta che aumenti il timeout)

Per sapere se le connessioni sono locali, fai un show processlist. Ti copio il mio (in locale):

MariaDB [test]> SHOW PROCESSLIST;
+----+------+----------------+------+---------+------+-------+------------------
+----------+
| Id | User | Host | db | Command | Time | State | Info
| Progress |
+----+------+----------------+------+---------+------+-------+------------------
+----------+
| 2 | root | localhost:2001 | test | Query | 0 | NULL | SHOW PROCESSLIST
| 0.000 |
+----+------+----------------+------+---------+------+-------+------------------
+----------+
1 row in set (0.01 sec)

Come vedi l'host è localhost, perciò so che viene dal mio computer (è la finestra che sto usando, chiaramente). Se fosse stato pincopallino:2001 mi preoccuperei perché non sono io