Non usare le connessioni permanenti (tanto se ho capito bene il tuo problema rimane sia con sia senza le connessioni permanenti, giusto?)

Eseguilo una sola volta dopo che ti connetti:

//COLLEGAMENTO AL DB
$db = mysql_pconnect($db_host, $db_user, $db_password) or die ("Connessione al DB non riuscita: ".mysql_error());
mysql_query('SET @@GLOBAL.wait_timeout=5;');
mysql_select_db($db_name, $db) or die ("Il DB ".$db_name." non esiste.");

(anche se è molto meglio usare il modulo mysqli non mysql)