Grazie, ho provveduto ad effettuare la sostituzione ed ora è perfetto

codice:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
int main(){

  struct studenti{
         char nome[100];
}studente[2];

char *temp;

temp = malloc(100*sizeof(char));

scanf("%s%s",&studente[1].nome,&studente[2].nome); 

strcpy (temp,studente[1].nome);
strcpy (studente[1].nome,studente[2].nome);
strcpy (studente[2].nome,temp);

printf("\n\n %s %s \n\n",studente[1].nome,studente[2].nome);

    system("PAUSE");	
  return 0;
}