Da quel che ho capito, se vuoi usare una classe fuori dal suo namespace devi usare "use"
o il namespace completo
Codice PHP:
use library/conf/Configuration as conf;
$conf = new conf/Configuration('application.setting.ini'); 
Il problema con autoload è che non gli viene passato solo il nome della classe, ma anche il namespace (conf\Configuration)
Quindi devi prevedere questo quando implementi __autoload(), ad esempio

Codice PHP:
function __autoload($className) { 
    
$parts explode('//'$className);  // ci vanno i backslashes, 
    
@include_once PATH-DOVE-TROVARE-IL-FILE.DS.$parts[count($parts)-1].'.php';

Però, come puoi vedere, questo complica le cose se hai due classi con lo stesso nome ma in namespace diversi
Codice PHP:
use library/conf/Configuration as conf;
use 
library/xml/Configuration as xml;

$xml = new xml/Configuration(); 
autoload, quale configuration.php deve caricare ?

Quindi sarebbe meglio usare il namespace completo e fare un autoload
Codice PHP:
function __autoload($className) { 
    
// Ti ricordo che viene passato anche il namespace
    
$class_path str_replace('//'DS$className);
    @include_once 
PATH-DOVE-TROVARE-IL-FILE.DS.$class_path.'.php';
    
// quindi dovresti avere, ad esempio PATH/library/xml/Configuration.php
}

$xml = new library/xml/Configuration(); 
Quindi dovresti valutare bene come organizzare autoload