Non ho visto i file, ma detto cosi penso che ti hanno detto una stupidaggine (sempre se non si tratta di file .js mooolto grandi)

Quanti files .js può leggere un browser?
In teoria nessun limite. ho fatto siti con 20 e + file .js

Nella pratica, se hai + file javascript, in alcuni le funzioni possono essere chiamati con lo stesso nome o cose simili, e le cose vanno in conflitto.


A) Puoi commentare i file .js con
e ad uno ad uno li riattivi per vedere quali dei due o + vanno in conflitto tra di loro.
B) Una volta scoperto, prova a cambiare posizione nel file php. Tipo uno lo metti ad inizio, l'altro metti alla fine oppure in mezzo ecc.; prova anche a cambiare l'ordine degli script in generale. Niente paura, anche i file .js nel <body> </body> vengono letti tranquillamente.
C) Se non ottieni risultati, quelli che oramai sai che vanno in conflitto, li apri e te li leggi. Se necessario cambi il nome delle funzioni, cambi magari le classi o cose simili.