Basta che cambi showScuole, mettendo i checkbox invece che le options

Codice PHP:
public function ShowScuole()
{
$sql = "SELECT * FROM login.scuole WHERE id_com=$_POST[id_com] ";

$res = mysql_query($sql,$this->conn);
$scuole = 'Scegli...';

while($row = mysql_fetch_array($res))

{

$scuole .= '<input type="checkbox" name="scuole[]" value="'.$row['id_com'].'"/>'. utf8_encode($row['des_tipo_scuola'];

}

return $scuole;
} 
e nel html

Codice PHP:

$("select#comuni").change(function(){
$("div#scuole").attr("disabled", "disabled");
$("div#scuole").html(attendere);
var comune = $("select#comuni option:selected").attr('value');

$.post("select.php", {id_com:comune}, function(data){
$("div#scuole").removeAttr("disabled");
$("div#scuole").html(data);    
});

...

Seleziona una Scuola :

<div id="scuole"></div>