I files all'esterno della document root non sono direttamente accessibili....
comunque tornando ai due consigli che ti sono stati dati:

session_start();
if (!isset($_SESSION['id'])) {
echo "non sei loggato";
}else{
$logged = true;
include ("aggiornamento1.php");
include ("aggiornamento2.php");
include ("aggiornamento3.php");
}



nei files aggioramentoX.php invece che rifare il controllo sulla sessione fai il controllo sulla variabile logged

if(!isset($logged) || $logged !== true){
echo "non sei loggato";
exit;
}




oppure utilizzando session_id

in aggioranmentoX.php

if(empty(session_id())) session_start();
poi controllo su $_SESSION['id']


La prima strada è più "elegante"