Ti basta usare rsync, per es. per fare mirror di una directory verso un server remoto:

codice:
rsync --delete -zarv /source/directory/ user@remote-host:destination-directory/
Naturalmente se fai schedule di questo con cron devi configurare SSH authentication con key sul remote host.
E si', rsync fa una copia incrementale, o, detta meglio, fa l'upload soltanto delle differenze - "delta".