Così pare funzionare, anche se non ho capito perchè ma dei filtri che php imposta in automatico all'apertura della pagina vengono annullati e non mi dà più il contenuto:

codice:
RewriteRule ^prova/prova2$ /cartella/prova.php [L,NC,NS]
Quindi il percorso risulterà valido come: prova/prova2 , anche se in realtà continuano a esistere due percordi validi per accedere alle pagina, perchè anche /cartella/prova.php continua a funzionare, ma bastera cambiare i collegamenti nelle pagine.
Poi non ho capito bene come faccio ad assicurarmi che i vari get della pagina continuino a funzionare con il nuovo url. Controllerò per bene tutto, se hai qualche idea esponi pure.