Se lo metti li, è normale che non funzioni.
Per intenderci, se hai il sito fatto così:

www.miosito.it/.htaccess
www.miosito.it/sezioni/categorie/categorie.php

la "traduzione" del url, avviene a livello della root. Quindi se tu dai

http://www.miosito.it/sezioni/catego..._publici.html, il web server prenderà
"sezioni/categorie/lavori_publici" e cercherà di chiamare
www.miosito.it/categorie.php
Che non hai.

Prova a mettere l'.htaccess dentro sezioni/categorie (cioè dove sta categorie.php)