Ok, non so come funziona di preciso la libreria ma presumo che istanzi l'oggetto passandoli il percorso + nome file o qualcosa del genere.
Questo lo potresti inserire in un ciclo che ti raccoglie tutti i file xml contenuti nella tua directory

Codice PHP:
<?php

if ($handle opendir('/path/to/files')) {

    while (
false !== ($entry readdir($handle))) {
        echo 
"$entry\n";//il tuo file
        //qui istanzi il tuo oggetto e leggi il tuo file.
        //+la tua logica di discriminazione

    
}

    
closedir($handle);
}
?>
per quanto riguarda la logica di discriminazione basta che ne decidi una...
ad esempio se i file sono tanti potresti spostali in un subdirectory "read" in modo da avere sempre nella tua directory principali tutti i file da leggere...
oppure ti mappi in una tabella tutti i nomi file letti però a questo punto si tratta di dover leggere l'intera tabella e valutare volta per volta se il file è gia presente nel tuo array o recordset.