Analizziamo il codice e la tua richiesta:
Volevo mettere un tag select (al posto del input type:text) con cui si selezionava la difficoltà facile , intermedio, normale, difficile, impossibile.
Non lo vedo dove è?
Sotto, una domanda diversa a ogni start (tipo: qual'è il terzo colore? qual'è il primo colore?)
con un tag select con tutti i colori usati per i cicli (indipendentemente dalla difficoltà) e sotto un pulsante verifica. Se il colore è corretto un messaggio (tipo alert) dice che hai vinto, altrimenti un messaggio dice che hai perso.
Questo secondo me manca, o non l'ho visto io?
Da principiante, quale sono, di javascript ho voluto iniaze a impararlo.
Partirei con qualcosa di più semplice

Fai attenzione anche html ha la sua sintassi questo blocco è sbagliato
codice:
<form name="selector">
<tr>
<td id="text11" colspan="3"><div align="center"><input type="button" class="start" value="START" onClick="color()"></div></td>
</tr>
<tr><td id="text12" colspan="3"><div align="center"><input type="text" class="tx" size="8" name="interval" value="50"></div></td>
</tr>
</form>
il form o lo metti dentro un div o una cella (td) oppure esterno ad una tabella di certo non tra le righe di una tabella che non deve esserci nulla (<table><form><tr><td></td></tr></form></table>) Sbagliato (</form><table><tr><td></td></tr></table></form>) o cosi (<table><tr><td></form></form></td></tr></table>) Corretto concludo consigliandoti di scrivere le funzioni su più righe, scriverla tutta di seguito è molto più difficile capire gli errori, la logica, la sintassi