Non so come funziona con iis ma io ho sempre un file delle costanti su cui mi appoggio.
Sul mio PC ad esempio ho, costante DOC_ROOT = percorso sul mio PC e su internet ho quello dato dal mio provider.
Dopo negli scripts ho include(DOC_ROOT."pippo.php");

Ovviamente ho diverse constanti.
Ad esempio :
DOC_ROOT <= "c:/www/miosito/"
INCLUDES <= DOC_ROOT."includes/"
FUNCTIONS <= DOC_ROOT."functions/"

ecc..