Bè considera che è un progetto e la matrice finale su cui devo lavorare è chiamata MatrixRegion, mentre il countReg è il contatore delle regioni che avevo chiamato prima...

Effettivamente potrei anche fare una funzione e richiamarla...

Questo il codice modificato con i vari nomi (endRows e endColumns sono righe e colonne della matrice finale)



codice:
Vec3b colors[countReg]; 
colors[0]=Vec3b(255, 0, 0); // rosso
colors[1]=Vec3b(127, 127, 127); // grigio 50% 
colors[2]=Vec3b(0, 0, 0); // nero
colors[3]=Vec3b(0, 0, 0); // verde 
colors[4]=Vec3b(0, 0, 255); // blu 
Mat watermark(endRows, endColumns, CV_8UC3); 
for(int i=0; i<endRows; i++) 
for(int j=0; j<endColumns; j++) 
watermark.at<Vec3b>(i, j)=colors[MatrixRegion[i][j]]; 
imwrite("watermark.bmp", watermark);