Se invertendo l'ordine hai (o pensi) d'aver risolto c'è qualcosa che non va comunque dato che verifyLength() come l'hai scritto non potrà mai essere soddisfatto
codice:
function verifyNumbers(){
var input1 = document.funzione.inizio.value;
var input2 = document.funzione.fine.value;
if(isNaN(input1) && isNaN(input2)){ alert("Prima di continuare devi inserire nei campi un numero di 4 cifre."); return false; }
}

function verifyLength(){
var input1 = document.funzione.inizio.value.length;
var input2 = document.funzione.fine.value.length;
if(input1 < 4 && input2 < 4){ alert("Prima di continuare devi inserire nei campi un numero di 4 cifre."); return false; }
}
Inoltre se le due funzioni sono obbligatorie meglio eseguire onsubmit così
codice:
onsubmit="return(verifyNumbers() &&  verifyLength())"
Concludo dicendo che se non c'è qualche altro motivo le funzioni possono anche essere unite