Ho modificato lo script (invece di > ho messo !=) e come consigliato da cavicchiandrea (che ringrazio ) ho unito le due funzioni e adesso il codice è questo
codice:
function verify(){
    var value1 = document.funzione.inizio.value;
    var value2 = document.funzione.fine.value;
    var length1 = document.funzione.inizio.length;
    var length2 = document.funzione.fine.length;
    if(isNaN(value1)){ alert("Prima di continuare devi inserire nei campi un numero di 4 cifre."); return false; }
    if(isNaN(value2)){ alert("Prima di continuare devi inserire nei campi un numero di 4 cifre."); return false; }
    if(length1 != 4){ alert("Prima di continuare devi inserire nei campi un numero di 4 cifre."); return false; }
    if(length2 != 4){ alert("Prima di continuare devi inserire nei campi un numero di 4 cifre."); return false; }
}
codice:
<form ... onsubmit="return verify();">
E funziona a meraviglia!

@cavicchiandrea
Prima avevo risolto così, mistero comunque il codice da te fornito non era funzionante.

@Alhazred
Se non sbaglio verifyNumbers() funzionava correttamente.