Potresti creare un meccanismo che aggiri il problema. Quando carichi un file o una cartella controlli che non stai eccedendo un limite del filesystem. Se stai superando il limite corri ai ripari creando una nuova cartella il cui nome è esplicativo del fatto che sia parte di un'altra cartella.
Non so quali sono le tue specifiche esigenze per cui non so se è applicabile nel tuo caso.