Non credo proprio che sia un problema di 2.5" o 3.5", il PC non sa mica quanto è grande il disco.
Anche se fosse, cosa gliene dovrebbe importare?

Ciò che conta dei dischi è l'interfaccia (pata, sata, sata2, sata3) e la loro capienza in GB o TB.

Che interfaccia ha il disco da 2.5"? Qual è la sua capienza?
Che interfaccia ha il disco da 3.5"? Qual è la sua capienza?