il codice su una riga me lo ha messo in automatico il 3D
Mi pare ovvio che il codice lo devi sistemare tu .

In ogni caso, lo script funziona perfettamente; l'errore è nel .css. Quando clicchi su un link (ad esempio #box1) il #box1 ti scrolla esattamente fino alla fine della finestra del browser.

Credo che basta fare un altro contenitore intorno a #container e lo posizioni dove ti piace, cosi lo sistemi.

Nel #container,
- invece di position:absolute dai una position: relative;
- invece di left: margin-left;
- idem per top;
- cancelli il margin:0;
infine,
-aggiungi overflow: auto;

Dovrebbe andare;