In fase di installazione di wp accedi al pannello admin strumenti->configurazione della rete.
Qui scegli se usare sotto-directory o sotto-domini, la scelta è irreversibile credo, inoltre devi modificare config.php e .htaccess seguendo le istruzioni di wp.

Per gestire domini diversi puoi usare questo plugin WordPress MU Domain Mapping, non l'ho mai usato ma dovrebbe fare al caso tuo.