Oltretutto MySQL non è un DBMS file-based, ma è un DBMS server-based.

Per funzionare è necessario che sia installato il server MySQL a cui i vari client (l'utility mysql da riga di comando o la tua applicazione) si connettono.

L'installazione del server è una cosa che va fatta separatamente (e, solitamente, è considerata un "software requirement" per le applicazione che lo usano).

Ciao.