Generalmente per tutti i sistemi di pagamento che prevedono un tramite (vedi Paypal) ti vengono messe a disposizione tutte le informazioni su come interfacciarti al sistema, così come accade appunto per Paypal.
Solo se decidi di interfacciarti direttamente ai circuiti delle carte di credito realizzando tutto tu di tuo pugno sono veramente casini, ma non lo fa praticamente nessuno a meno che si tratti di qualche necessità particolare o aziende che affidano la realizzazione a chi ha già molta esperienza nel settore.

Quindi tu non farai tutto a mano, seguirai le indicazioni del servizio che avrai scelto, in pratica il semplice invio delle informazioni su prodotti acquistati, qualche id ed i prezzi, poi la transazione sulla carta di credito la farà il sistema di chi hai scelto e tu riceverai soltanto la risposta sull'esito della transazione.
In questo modo hai anche la facilitazione che i problemi di sicurezza sulle cose serie (furto di carte di credito per esempio) se li prende in carico il servizio che hai scelto e non tu.