Beh, dipende dalla parte che vuoi "cronometrare".

Per esempio se vuoi misurare la durata dell'intero programma puoi fare così:
codice:
int main(int argc, char *argv[]) { 
    clock_t timer = clock(); 
    presenta(); 
    acquisisci(funzione);// acquisizione funzione derivanda 
    costruiscifx(); 
    elabora();
    LeggiDer(derivata, archivio);
    printf("\nderivata prima della funzione = %s\n ",derivata);
    system("PAUSE");
    timer = ( clock() - timer) / CLOCKS_PER_SEC; 
    return 0;
}