ciao Fermat,
considera che alcuni browser per i pdf non impostato come type "application/pdf", per scoprire se è questo il problema fai una semplice echo del type


Codice PHP:
if (!in_array($file['allegato']['type'], $typeArray)) {                 
     return '<h3 class="error">Il file non è tra quelli ammessi</h3>  
                <h3>'.$file['allegato']['type'].'</h3>'; 
} 

Dovresti in ogni caso rafforzare il controllo, almeno assicurandoti che l'estensione del file sia corretta