Non conosco metodi per separare i messaggi una volta ricevuti, credo non esistano. Puoi però trovare un modo per variare l'oggetto della mail che il form invia, o facendolo scrivere all'utente, oppure inserendo ad esempio data e ora d'invio.

In ultima istanza, puoi anche disabilitare la modalità di visualizzazione dei messaggi per conversazione dalle impostazioni generali.