Che mobo hai?

Nel tuo caso per evitare problemi farei così..
stacchi il disco rotto e avvii con il disco singolo e intanto vedi se funzia.. se funziona spegni, metti un altro disco buono, avvii windows, rompi il mirror e lo ricrei sul nuovo disco.
La posizione fisica conta relativamente, mi spiego meglio, alcuni raid software cosa fanno, ti sincronizzano il disco Source (primario secondo la seq. di boot) con il disco secondario, ma se usi windows per fare il mirror non ci sono problemi.

Se l'altra macchina è identica puoi montarlo (ovviamente fai sempre un'immagine del disco prima), potrebbero venir fuori problemi legati a servizi installati (dipende cosa c'è dentro), anche se l'hd è identico cambia il mac address e alcune app storcono il naso.