Ho provato, ma ho ancora dei dubbi!
Intanto ho bloccato l'accesso diretto a qualsiasi file swf inserendo nel file .htaccess questo codice:

<FilesMatch ".(swf)$">
Order Allow,Deny
Deny from all
</FilesMatch>

Se ora provo a caricare un file swf via html con un link diretto il server mi risponde accesso negato.
Spero che sia quello giusto ho molti swf dislocati in varie sotto cartelle.

Rimane il problema di far accedere dalle pagine di joomla a questi file swf.
In relazione a quanto mi avete consigliato è di sostituire nel campo data del tag <object> il puntamento al file swf con quello del file loaderswf.php.

Da quanto posso capire, in base allo script del post precedente, il file php andrà a sostituire con un Echo il nome del file.swf che completerà il link.
Ho provato a inserire nel file loadswf.php questo semplice codice cercando di interpretare il codice che mi avete detto di adattare:

<?php
echo "dir1/dir2/dir3/file.swf "
?>

Quindi teoricamente, il browser andrà a leggere il file loderswf dal precorso dir1/dir2/di3/loadeswf.php che ridarà il link corretto dir1/dir2/dir3/file.swf
Tuttavia il file .htaccess blocca comunque l'accesso e la pagina non carica l'swf.

Il blocco dei file swf con il file .htaccess per me è sufficiente, non mi serve nel file php di verificare le credenziali degli utenti, a questo se ne occupa già joomla.
Mi servirebbe un modo per caricare in una pagina joomla, uno specifico file swf che si trova dentro varie sotto cartelle.
Ogni utente appartiene a un determinato gruppo o sottogruppo, quindi ho creato una gerarchia analoga di cartelle e sottocartelle per i file swf che associo alle varie pagine degli utenti. Quindi nella stessa cartella dove si trova il file swf metto lo script in php e faccio puntare il valore data all'interno del tag <object> al file php che andrà a prendere nella stessa cartella il file.swf.
Se uno script in php come dite non viene bloccato dal file .htaccess non capisco in che modo!

E' probabile che non abbia ancora le idee chiare sul da farsi!
Chi mi può aiutare?

Grazie per la vostra disponibilità e scusate se non mi sono espresso chiaramente!