Come erano stati copiati questi file la prima volta ? anche in quel caso con un semplice copia incolla ?
Il problema (oltre alla copia) è anche individuare quali sono i file che si bloccano ? (non so, magari hai una cartella con 1000 file di cui solo 4 bloccano tutto...)
EDIT: hai provato ad usare il comando copy o xcopy da DOS ? o magari il programma Teracopy (a cui avevo fatto riferimento all'inizio) ? è davvero ottimo e free, lo puoi trovare qui: http://codesector.com/teracopy