Per cambiare in UTF-8 senza BOM, puoi aprire i file, dal Fromato scegli "converti in UTF-8 senza BOM" e li risalvi, ma per sistemare i ritoni a capo al omento non saprei.
Nelle vecchie versioni di Notepad++ ti faceva scegliere anche il tipo di ritorno a capo, su quella nuova non trovo l'opzione.