Se il sito è fruibile correttamente anche con Javascript disattivato, probabilmente non avrai problemi di indicizzazione. Se con Javascript disattivato il sito non è navigabile, stai usando AJAX nel modo sbagliato: avrai problemi di indicizzazione e in più il sito non è accessibile.

La guida di Laurianti mi sembra un ottimo spunto per approfondire l'argomento.