devi andare a modificare i file xml per cambiare l'ordine. Puoi usare, nei tag dei blocchi, gli attributi ‘before’ e ‘after’ che regolano la posizione dei blocchi
1. before="-" posiziona il blocco prima di tutti gli altri
2. after="-" posiziona il blocco dopo tutti
3. before="some_block" posiziona il blocco prima del blocco con il nome="some_block"
4. after="some_block" posiziona il blocco dopo il blocco con il nome="some_block"

Per esempio <block name="this_block" before="that_block"/>

i file del layout li trovi nella cartella app/design/frontend/tua_skin/tuo_template/layout

Se per esempio vuoi modificare la posizione dell'home page puoi farlo anche da backend andando nel menu cms -> page -> home e li ti trovi nella sezione design il file xml che regola la posizione dei blocchi. La parte sinistra la potrai individuare poichè inizia con <referance name="left">
quella destra ovviamente inizierà con <reference name="right">