Puoi fare il replace in una volta (senza fare cicli) sfruttando meglio la regular expresion
codice:
function highlight(myRegExp, myClass){
	var el=document.getElementById('songs');
	el.innerHTML=el.innerHTML.replace(myRegExp,'<span class="'+myClass+'">$1</span>');
}
da usare così
codice:
highlight(/(\/\/.*?\/\/)/gi,'higher1');
highlight(/(\(\(.*?\)\))/gi,'higher');
ricorda che i caratteri / e ( sono riservati e quindi va fatto l'escape anteponendo il carattere \