Ho fatto un po' di prove e mi sembra che non sia la formattazione condizionale la responsabile di questo comportamento ma piuttosto la presenza di dati nelle righe o colonne successive.

Excel, a quanto mi è parso di capire, stampa tutte le pagine, anche se vuote, fino all'ultimo dato che trova. Quindi se, per esempio, sono piene solo la cella A1 e la A1000, excel stamperà la prima pagina (con la A1), poi una miriade di pagine vuote e poi l'ultima pagina con la A1000.

Ho anche provato a cercare un po' ma non ho trovato nessun settaggio che impedisca di stampare le pagine vuote.

A questo punto ti direi di verificare se ci sono dati nascosti o dimenticati in qualche cella lontana (sia in verticale che in orizzontale) e poi riprovare.

Per cercarli puoi andare nella scheda Visualilzza e cliccare su Anteprima interruzioni di pagina (che è una specie di anteprima di stampa) e vedere che dati ci sono nell'ultima pagina, e puoi anche cancellarli selezionando tutte le celle e premendo Canc (poi clicchi su Normale per tornare alla visualizzazione classica).

Se non riesci a risolvere cerchiamo qualche altra soluzione