Originariamente inviato da minidiable
vorrei uno STOP che mi chiudesse la finestra con la GUI e che mi terminasse il programma.
Se hai una finestra, essa ha la 'X' di chiusura. Hai impostato, e come, il default close operation?

Originariamente inviato da minidiable
E inoltre che mi chiudesse le Serial Ports aperte!!!
Questo comunque devi farlo tu. E specialmente se vuoi che succeda anche quando l'utente chiude la finestra con le azioni (pulsantino 'X' o altro) previste dal sistema, allora devi registrare un WindowListener e agire in modo appropriato.