Se vuoi fare un'applicazione grafica "vera", c'è molto da lavorare - imparare le API Win32 richiede un certo studio. Se invece vuoi semplicemente "pasticciare" con la console, devi usare le API della console (dòh! ), in particolare probabilmente Get/SetConsoleTextAttribute (per impostare i colori) e SetConsoleCursorPosition.

Comunque se vuoi fare applicazioni console "ricche" puoi utilizzare le varie librerie pdcurses/ncurses/..., che offrono delle funzioni apposite per la gestione del terminale.