Prima di tutto dovremmo capire se gli attributi title sono indicizzati dai motori. Ricordo di aver letto anni fa di alcuni test SEO che dicevano che in realtà non lo sono. Questo eventualmente potrebbe ridimensionare l'importanza della questione.

Detto questo, dipende cosa significa "gestirli" con jQuery. Quello che è presente staticamente nell'HTML è visibile da qualsiasi robot. Quello che viene inserito dinamicamente tramite Javascript invece lo è solo dai client evoluti come i browser. Quindi, se il tuo contenuto esiste anche disabilitando il Javascript sarà visibile a tutti, altrimenti no.