Si tratta del primo caso: il sito deve essere accessibile dall'indirizzo www.miosito.com/sottocartella.

Quindi confermi che le operazioni da fare sono solo quelle che ho elencato ?

In quel caso nel bootstrap del mio framework dichiarerò un costante globale contentente il nome della cartella di installazione e poi anteporrò tale costante a tutti gli url di risorse e collegamenti.
Per quanto riguarda invece l'htaccess non esiste una possibilità del genere e quindi dovrò modificarlo inserendo la sottocartella in tutte le istruzioni di rewrite.

Dico bene ?

Ciao e grazie.