Meglio fare un problema alla volta, concentriamoci prima su chrome e la seconda colonna.
Non ho messo questo link online, ma solo in locale, però ti ho ricreato una copia di quello che ho fatto: in pratica ho preferito creare un contenitore con due sotto contenitori.
Ecco il link: link .
Per vedere il risultato così come dovrebbe essere usa mozzilla firefox, mentre per vedere lo "sballo" degli elementi usa chrome, se vuoi puoi dare un'occhiata anche con ie9, non ho verificato, ma in ie10 sballa gli ultimi 2 elementi mettendoli più in alto, mentre chrome li sballa tutti.
Ho pensato di risolvere il problema mettendo un "top:-5px" ad esempio solo se si naviga con chrome, ecc, ma non credo sia la soluzione ottimale.
Secondo me è un problema di interpretazione dei browser, visto che ereditano la posizione top:0 del primo contenitore ho pensato che potrebbe essere che chrome faccia le caselle di testo più grandi di mozzilla e che lasci anche un piccolo padding in automatico tra questi elementi.
Fammi sapere se sei dello stesso avviso.