PDF/A significa che tutto ciò che è collegato al documento (immagini, font, ecc...) deve essere incluso nel documento stesso e non deve stare a parte in modo tale da poter rileggere il pdf in futuro senza stare dietro ai vari file che lo compongono.

Sul sito ufficiale c'è un forum, potresti provare a chiedere direttamente lì così ti rispondono gli sviluppatori di FPDF.

Altrimenti, in fondo alla pagina di quest'altra classe PHP c'è scritto che supporta pdf/a:
http://www.tcpdf.org



Alberto