Le librerie hanno di per se i relativi CSS con colori o quant'altro.
Basta guardare il sorgente generato, vedere i css che regole impostano e magari sovrascrivere con un css personale questi.
Stessa cosa da JS, dovresti comunque trovare queste regole e sovrascrivere da JS.
Secondo me in questo caso è più comodo da CSS.