Dagli i files separati, è piu comodo e maneggevole. Sarà chi prepara le lastre a fare i montaggi in base alle esigenze dello stampatore.
Consiglio (mi permetto, visto che dici che è la tua "prima volta"):
fotolitisti e tipografi, sopratutto i tipografi, tentano sempre il colpo di far fare al grafico i montaggi.
Mandalo educatamente a quel paese. Non è il tuo mestiere e 9 volte su dieci non vanno bene perchè ognuno ha il suo metodo di lavoro e tu non hai neppure quello perchè, appunto, non spetta a te farlo. Tu gli dai gli .eps e loro fanno ciò che gli compete.
Altro piccolo consiglio, visto che recentemente ho risposto ad un 3d che riguardava questo argomento e abbiamo dovuto recuperare un file impostato male:
Se il lavoro sarà stampato in quadricromia imposta da subito il lavoro in CMYK. Se sarà stampato con colori dichiarati imposta da subito con colori pantone. Non usare in alcun caso lo spazio RGB perchè comunque in nessun tipo di stampa può essere utilizzato senza conversione.

Spero di averti aiutato. Se hai dubbi posta che ci proviamo

Ciao