Crea un nuovo documento di testo (miofile.txt), copia queste righe

@mkdir C:\nome_applicazione
@copy *.* C:\nome_applicazione

(al posto di *.* puoi anche inserire mia_cartella\*.*) in modo da non includere nella copia lo stesso file che stai creando per l'installazione)

alla fine rinomina il file da miofile.txt a miofile.bat;
sul CD inserisci anche un file autorun.inf con scritto
(non cambiare il nome del file altrimenti non ti partirà l'autorun)

[AUTORUN]
open=miofile.bat

dovrebbe funzionare....