Se non hai il sorgente di un applet, in linea teorica, non puoi modificare nulla di un .class. Esistono però alcuni software che permettono di risalire al sorgente di un compilato (bytecode) Java.
Risalendo al sorgente di tale applet potresti modificare il colore dello sfondo. Poi dovresti ricompilare il tutto. Questa operazione NON è legale, poiché l'autore di tale applet non ha fornito il sorgente.
L'alternativa LEGALE è di richiedere all'autore una versione dell'applet con il colore che desideri, oppure verificare che tra i parametri da passare all'applet non ce ne sia uno che serva a modificare lo sfondo.

Spero di essermi spiegato... fammi sapere...
Ciao!!